Narodila se ve Freeportu, státě Illionis. Rok narození tají a tvrdí, že ho nikdy neprozradí. Jméno Calista, které dostala po své prababičce a které v řečtině znamená nejkrásnější nemá ráda, ale slíbila že si ho kvůli prababičce ponechá. Její matka Kay učila na střední škole angličtinu, otec Ronald pracoval u firmy Kraft Foods. Každý jeho služební postup znamenal pro rodinu stěhování, takže Calista společně se starším bratrem Garym trávili dětství na cestách: Illionis, Minnesota, New York, Iowa a konečně New Jersey, kde se Flockhartovi usadili.

Na střední škole byla velmi emotivní roztleskávačkou a současně aktivní členkou studentské rady, maturovala na Rutgers University, New Brunswick, stát NJ v roce 1988. Téhož roku měla svůj velký herecký debut v newyorském Repertory Theater. Vystřídala několik regionálních divadel v Clevelendu, Louisvillu, Chicagu a Houstonu. Přišly první role v mimobroadwayských představeních a s nimi i roličky ve filmech - zaujala například režiséra Mika Nicholase, který ji později nabídl úlohu ve svém filmu The Birdcage. Na vysněné Broadwayi, v Roundabout Theater Calista debutovala v roce 1995 ve hře Tennesseeho Williamse Skleněný zvěřinec, zazářila také jako Nataša v Čechovových Třech sestrách. Na broadwayi se poznala s Jane Krakowskou, která v seriálu hraje Elaine. Ačkoli se od počátku své kariéry považovala za divadelní herečku a bránila se práci pro televizi, přece jen několikrát neodolala. Hned po vysokoškolských studiích se mihla v mýdlové opeře Guiding Light a v roce 1992 přijala nabídku kanálu HBO na roli v jedné z epizod seriálu Life Stories, Families in Crisis, který byl inspirován skutečnými životními příběhy. Hrála v dílu nazvaném The Secret Life of Mary-Margaret: Portrait of a Bulimic, tedy Tajný život Marie-Margarety: portrét bulimičky.

Na broadwayských představeních si Calisty poprvé všiml David E. Kelley. Po absolvování konkurzu, na kterém se tlačilo několik set hereček dostala první velkou roli - postavu Ally McBeal.

V roce 1998 byla zvolena časopisem People Magazine mezi 50 nejkrásnějších lidí planety. V lednu 2001 adoptovala syna Liama, který se v prosinci narodil v nemocnici v San Diegu. Biologická matka je lékařská laborantka, která již má čtyři děti. Calista má psa - teriéra Webstera. Nyní žije v Kalifornii v Los Angeles.